تدور أحداث لعبة IGI 3 The Mark حول حصول مجموعة من الإرهابيين على رأس نووي قادر على تدمير دولة بأكملها، وهدفهم ضرب بريطانيا بتلك القنبلة ذات القدرة التدميرية الهائلة، وللقيام بذلك يتوجهون إلى منطقة الشرق الأوسط وتحديداً إلى دولة العراق من أجل الحصول على صاروخ باليستي قادر على حمل رأس نووي. مهمة إحباط تلك العملية أسندت إلى ضابط أمريكي من مشاة البحرية وآخر بريطاني، وهي مهمة صعبة للغاية حيث يتعين عليهم القضاء على مئات الإرهابيين المسلحين في محاولة للوصول إلى الرأس الحربي النووي وبالتالي إحباط العملية، وعلى الرغم من صعوبة الأمر إلا أنه يبقى في النهاية غير مستحيل.
