تدور فكرة Prototype 1 حول شركة هندسة وراثية كبيرة قامت بإجراء تجارب على شخص يدعى أليكس، الذي استيقظ ليجد نفسه فاقدًا للذاكرة، الأمر الذي دفعه للهروب والإنطلاق لاستعادة ذاكرته ومعرفة ما حدث له، وسرعان ما يكتشف أنه يمتلك قدرات هائلة تمنحه سرعة خارقة وخفة حركة بجانب الأسلحة والقدرة على التحول. كما وجد أليكس أن عليه مواجهة وحدة من القوات الخاصة المكلفة بمواجة الزومبي ومكافحة الحرب البيولوجية، وهم مجموعة من الجنود المدربين بشكل جيد ومسلحين بمجموعة متنوعة من الأسلحة النارية، بالإضافة إلى مواجهة مئات المدنيين المصابين بفيروس غريب يحولهم إلى كائنات وحشية تهاجمهم بشراسة وبأعداد ضخمة.
